L'intervento è stato preceduto da un'accurata indagine visiva, corredata da documentazione fotografica e descrizione dello stato di conservazione, (caratteristiche materiche, alterazioni, degrado), mappata graficamente su base fotografica. Sono stati eseguiti tasselli stratigrafici per determinare e riconoscere i diversi livelli, sino alla qualificazione dello strato pittorico originale e mirati prelievi per analisi composizionale dei pigmenti e dei diversi materiali sovrammessi, riconoscimento della loro natura, caratteristiche e stato di conservazione. L'intervento di restauro ha interessato tutte le superfici dell'edificio con operazioni di asportazione delle ridipinture sovrammesse, liberazione dai sedimenti materici che non erano parte costitutiva delle opere, ma accumulo di sostanze estranee e dannose. Il restauro è stato inteso come conoscenza del paramento dell'edificio, per consentire l'acquisizione di elementi utili alla ricostruzione della sua storia ed anche operazioni finali di presentazione del monumento restaurato. Sono state compiute una serie di operazioni che hanno comportato "asporto" di materia, fino al raggiungimento di quel livello di unitarietà che si voleva recuperare, ed operazioni di "aggiunta" di materiale, per riproporre quella lettura unitaria, che è stata identificata nel corso della ricostruzione della sua storia. In accordo con la competente Soprintendenza ai Beni Ambientali e Architettonici di Milano e con la Direzione Lavori, si è proceduto con l'asportazione manuale degli strati, con l'ausilio di bisturi, raschietti, microsabbiatrice, soprattutto per i particolari degli stucchi dove l'azione manuale avrebbe compromesso la finitura originale, alcune zone con strati sovrammessi molto tenaci sono state preventivamente ammorbidite con impacchi di polpa di cellulosa imbevuta in una soluzione satura di ammonio carbonato e successivamente rifinite con mezzi meccanici. Queste operazioni hanno richiesto una particolare attenzione e cura nelle parti a stucco tanto ricche e arzigogolate, quanto rifinite con lumeggiature in oro, impasti di cromie diverse, pennellate e fondi dipinti. Eseguita l'operazione di discialbo, si è potuto valutare completamente l'effettivo stato di conservazione delle superfici, che si presentavano in buono stato e di ottima fattura. Alcune zone della volta dell'abside presentavano problemi di fratture superficiali e presenza di sali in superficie, nonché alterazioni cromatiche, dovute a vecchie infiltrazioni d'acqua dal tetto, queste zone evidenti anche prima del discialbo, sono state risanate con un intervento di asportazione manuale a pennello e spatola delle efflorescenze saline e trattamento con impacchi di idrossido di bario per la conversione dei sali, mentre le macchie giallastre sono state alleggerite con degli impacchi estrattivi di polpa di cellulosa imbevuta di acqua demineralizzata. Sono stati eseguiti i necessari consolidamenti in profondità utilizzando una maltina di calce con polvere di marmo fine addizionata con resina acrilica. Al termine dei lavori viene predisposta la documentazione per la Soprintendenza e per la committenza.