Ogni altare si presenta in uno stato di degrado più o meno avanzato a causa della presenza di umidità e dell'alterazione subita da ridipinture o applicazioni di altri materiali oggi alterati nel colore e visibilmente disomogenei nella stesura. Particolarmente compromessi gli altari delle Cappelle del Sacro Cuore e di San Giuseppe. La mancanza di areazione al loro interno, ha favorito il concentrarsi dell'umidità compromettendo seriamente le decorazioni in stucco, nel primo caso e, causando il sollevamento ed il distacco di parte del rivestimento lapideo, nel secondo, dovuti alla disgregazione dell'intonaco di supporto (vedi fotografie n. 1, 2, 3, 4). In generale ogni altare presenta lacune dei supporti della pellicola di colore, preparazione e sollevamenti di estensione piuttosto ridotta. Visibili attacchi xilofogi circoscritti a limitate porzioni lignee. Le superfici sono coperte in particolar modo nella parte superiore, da depositi di polvere e sporco coerente.